Le village des Bois est mentionné pour la première fois en 1484. La commune s’est appelée Les Bois Jean Ruedin jusqu’en 1792.
De 1793 à 1815, la commune des Bois a appartenu à la France, dans le département du Mont-Terrible, puis dans celui du Haut-Rhin. Suite à une décision du Congrès de Vienne, en 1815, la commune des Bois a été attribuée au canton de Berne.
Les habitants du Cerneux-Godat ont vainement tenté à deux reprises, en 1815 et en 1871, de s’ériger en commune.
Depuis le 1 janvier 1979, la commune fait partie du canton du Jura.