Le nom du Noirmont est mentionné pour la première fois en 1397. L’origine du lieu remonte au règne d’Imier de Ramstein, Prince-Evêque de Bâle qui, en 1384, décida d’exempter d’impôts les défricheurs de nouvelles terres.
De 1793 à 1815, Le Noirmont a appartenu à la France, dans le département du Mont-Terrible, puis dans celui du Haut-Rhin. Suite à une décision du Congrès de Vienne, en 1815, la commune a été attribuée au canton de Berne, comme toutes celles du District de Franches-Montagnes.
Le 29 octobre 1944 fut une tragique journée pour le village, la gare fut bombardée. Plusieurs maisons étaient en flammes. Les habitants de ces fermes – cinq ou six familles – sortaient de la messe et accouraient sur place. «Quelques jours après cette tragédie, des rumeurs circulaient. Elles disaient que le wagon mitraillé était destiné à l’Allemagne et qu’il venait de la Dixi au Locle, fabrique de munitions ».
Depuis le 1 janvier 1979, Le Noirmont fait partie du canton du Jura.

L’agriculture demeure très présente au Noirmont avec l’élevage de chevaux et la production laitière, cette dernière étant essentiellement destinée à la fabrication de la Tête de Moine.
Durant la deuxième partie du XIX siècle, Le Noirmont a vu apparaître l’horlogerie, qui fut longtemps la plus importante activité industrielle de la commune. Aujourd’hui, de grandes entreprises de ce secteur y ont encore leurs ateliers : Paul Picot, Montres Louis Erard et Aéro Watch. En lien avec l’industrie horlogère, Le Noirmont compte également des entreprises dans les secteurs de l’habillement horloger, du décolletage et de l’étampage, de la mécanique et de la micromécanique, de la plasturgie et injection ainsi que dans le polissage et galvano.
Le tissus économique compte également d’autres industries comme l’informatique, ainsi que le médical et l’appareillage.
Le site de La Goule abrite une usine électrique propriétaire de la société électrique éponyme.
L’ancienne Villa Roc-Montès héberge la Clinique Le Noirmont, centre de réadaptation cardio-vasculaire.
Le village compte également de nombreux commerces et artisans, ainsi que des hôtels, restaurants et cafés, et également un camping au Creux-des-Biches.