La première mention écrite de Court remonte au 13 mai 1148, sous le nom de Cort, dans un document du pape Eugène III. Le 17 février 1179, on trouve le toponyme Curt dans un acte du pape Alexandre III. Ce document mentionne également les hameaux de Chavanney, à l’entrée du vallon de Chaluet, et de Minvilier, à l’ouest de la localité. Ces deux hameaux furent complètement détruits par les épidémies de peste du XVI siècle.
La route des gorges de Court à Moutier fut achevée en 1752 par le prince-évêque de Bâle Rinck de Baldenstein. Auparavant, la Vallée de Tavannes était reliée à Moutier par la route Bévilard-Champoz-Perrefitte.
Le village dépendait jusqu’à la fin du XVIII siècle de l’Abbaye de Moutier-Grandval. De 1797 à 1815, Court appartint à la France, faisant partie du Département du Mont-Terrible, puis, à partir de 1800, du Département du Haut-Rhin, auquel le Mont-Terrible fut rattaché. Par décision du congrès de Vienne, le territoire de l’ancien évêché de Bâle fut attribué au canton de Berne, en 1815.
En 1996, des fouilles archéologiques à l’ouest de Court permirent de retrouver des traces de l’ancien village Minvilier (ou Mévilier), habité du XIIe au XVe siècle et abandonné après une épidémie de peste.
Lors d’autres fouilles, quatre verreries ont été localisées à Chaluet. Elles furent actives entre 1657 et 1714, sur des emplacements différents. Les verriers, venus probablement de Forêt-Noire, se sont installés dans cette région en raison de la présence en quantité de sable silicieux, indispensable à la fabrication du verre.
A fin mars 1937, deux millions de mètres cubes de roches et de terres envahirent les gorges de Court, empêchant tout trafic routier entre Court et Moutier durant deux semaines et tout trafic ferroviaire durant plus d’une année.
Les familles Bueche, Chausse, Lardon, Marchand, Rossé et Serquet sont originaires de Court.

Court est un important centre de l’industrie du décolletage.
Le village dénombre également d’autres petites et moyennes entreprises actives dans la mécanique, l’horlogerie et les instruments de mesure.