Durant la deuxième moitié du XIX siècle, Courgenay est passé du statut de village rural à celui de localité industrielle, notamment avec le développement d’activités telles que la bonneterie, la fabrication de cigares et de boîtes de montres.
En 1983 une importante zone industrielle a été aménagée à l’extérieur de la localité. Elle abrite notamment le préparateur et distributeur de voitures Gefco.
Courgenay compte quelques ateliers de mécaniques (décolletage et ressorts industriels) et d’horlogerie. Malgré l’industrialisation, l’agriculture, bénéficiant de bonnes terres, est restée une activité économique importante.